تنبع أهمية التخليص الجمركي من عدة جوانب، منها:
- حماية الاقتصاد الوطني من دخول السلع المقلدة أو الضارة.
- تحصيل الإيرادات من خلال الرسوم الجمركية والضرائب.
- تنظيم التجارة الدولية وضمان الالتزام بالاتفاقيات التجارية.
- حماية المجتمع من المواد الخطرة أو الممنوعة.